1 ... 6 7 8 9 10 11 12 13 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 10

səhifə10/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers

1.3.2.12 - AngLsplLin - Interactive Calculation of the Angle between a Least 


Squares Plane and a Bond.


A click on this menu-option brings up an ORTEP drawing with clickable atoms and 
applicable option sub menu. The molecule can be rotated to a suitable orientation. The red 
sub menu item 

LsplWithEnd

 on the right indicates that the program is ready to receive the 
atom names that will determine the least-squares plane by clicking on the corresponding 
atom names. This sequence is ended and the sequence for the two bond atoms started by 
clicking in the 

With

 side-menu box. The second sequence is ended (and the calculation 
initiated) by clicking in the 

End

 field. Alternatively, an instruction similar to 

LSPL c3 c4 c5 


WITH c1 c2

 could be issued from the keyboard. Atoms are treated with unit-weight by 
default in the plane calculation. Alternatives are weighting based on atomic weights or 
standard uncertainties  (su) of the atomic coordinates. The default weighting scheme may be 
changed using the 

(UAE)WLSPL

 button on the side menu. 

1.3.2.13 – CremerPople - Interactive Calculation and Display of Cremer & Pople 


Ring-Puckering Parameters. 


A click on this menu-option results in a display loop over the rings found in the structure. A 
subsequent click on the 

CremerPople

 button in the GEOM sub-menu will give a summary 
display of the ring geometry and puckering analysis results. 
Note: Full details of the analysis can be found in the associated 

.lis

 and 

.lps

 files. 

1.3.2.14 – Bond Valence Analysis


A click on this menu-option invokes a 

CALC COORDN

 loop preceding to the actual bond-
valence analysis (Brown, 2002). Full details of the analysis can be found in the 

.lis

 and 

.lps 


files. The reported atom valence is tentative and should be used with care.   

1.3.2.15 – HFIX-RES - Generate SHELXL-Style HFIX Instructions


This is a tool that is primarily used as part of SYSTEM-S (

Chapter 10

) but is also 
accessible as a 'stand-alone'  tool. HFIX instructions suitable for SHELXL refinement are 
generated and included in a modified 

RES

 file. The modified 

RES

 file in written out with 
the 

.new

 extension and should be renamed to 

.ins 

to be used. The HFIX feature can be 
invoked with a 

.res

 file from the PLATON main-menu by clicking on the 'HFIX RES' 
button. HFIX-RES is also available from one of the PLUTON sub menu's. However, that 
will work only when PLUTON has been  called DIRECTLY  through PLUTONative or as 
'

platon -p

'  and not indirectly through PLUTONauto (since in that mode PLUTON is run on 
an internally generated non-res file). The actual H-atom coordinates are not calculated by 
PLATON but can be generated subsequently using the (renamed to .ins) '.new' file as input 
to SHELXL. 
Various 'HFIX' entry modes are available. (The assigned numerical values are those defined 
by SHELXL).
1. As Keyboard instruction in PLUTON: e.g. HFIX C8 137 
2. As the generic keyboard or 'menu' instruction 'HFIX' (in PLUTON or SYSTEM S). 

In that mode, atoms to HFIX can be clicked on or a loop can be started over all 
relevant atoms. The atom that is currently under consideration is displayed with a 
RED label along with the suggested HFIX code (see SHELXL manual) in square 
brackets. [0] indicates NO HFIX. 
Suggested values can be adopted by hitting 

RETURN

 or overruled by entering the 
desired value. A negative value should be entered to avoid addition of H-atoms. 
'Auto' will introduce H-atoms with the suggested HFIX types without further 
questions asked. 

1.3.3.1 – CALC SOLV – Determine the Solvent Accessible Volume


Fig. 1.3.3.1-1

. Example SOLV and VOID output.

 

The unit cell contains four (symmetry 
related) voids. Details are listed for all. Two grid points are reported under 

#gridpoint 

and 
two volumes under 

Vol

: The number in [] corresponds to the number of grid points (and  
volume) that have the property of being at least the probe-radius (Default 1.2 Angstrom)  
away from the van der Waals surface of the nearest atom (the Ohashi volume). The second 
number corresponds to the number of grid points (and volume) in the solvent accessible  
region. For each void the centre of gravity is reported along with the eigenvectors and  
eigenvalues of the second moment of the grid point distribution.
PLATON offers two options for the detection and quantitative analyses of solvent accessible 
voids in a crystal structure:
- VOID, a compute intense version, useful mainly when, in addition to the detection of 
solvent areas, a packing coefficient (Kitaigorodskii, 1961) is to be calculated and unit cell 
sections to be listed. The sections show the regions within the van der Waals surface, the 
solvent accessible void region and the cusps in between. 
- SOLV, a faster shortcut version of VOID (at the price that no packing coefficient is 

calculated and no meaningful sections can be listed). 
The SOLV option is used as part of a SQUEEZE and Validation calculations. Some 
background information may be obtained from the paper by van der Sluis & Spek (1990) 
and more details and an example in 

Section

 

1.3.3.2

 and 

Chapter 5


The relevant keyboard instruction is:

CALC SOLV (PROBE radius [1.2]) (PSTEP n [6] / GRID s [0.2]) (LIST)

 
The 

PROBE

 

radius

 is taken by default as the van der Waals radius of Hydrogen.
The 

GRID s

 is taken by default as 0.2 Angstrom steps.
The 

PSTEP n

 should be such that n x 

s

 = 

radius

 for computational reasons.
The 

LIST

 option produces a printout of the SOLV grid.

1.3.3.2 – CALC K.P.I. – Calculate Solvent Accessible Volume + Packing Index.


PLATON offers two options for the detection and analyses of solvent accessible voids in a 
crystal structure. The SOLV option is a faster version of the VOID option and recommended 
when only the solvent accessible volume is of interest. The additional expense in computing 
time with the VOID option is useful only when, in addition to the detection of solvent areas, 
a packing coefficient (Kitaigorodskii, 1961) is to be calculated (for which also the solvent 
inaccessible voids between atoms have to be considered) or when detailed unit cell sections 
are to be listed. The faster SOLV option is used implicitly as part of a SQUEEZE calculation 
and CIF-VALIDATION (in order to report about incomplete structures). 
Some background information may be obtained from the paper: van der Sluis & Spek (1990
) and 

Chapter 5

. As a general observation it can be stated that crystal structures rarely 
contain solvent accessible voids larger than in the order of 25 Ang**3. However it may 
happen that solvent of crystallization leaves the lattice without disrupting the structure. This 
can be the case with strongly H-bonded structures around symmetry elements or framework 
structures such as zeolites.  

Packing Index


The Kitaigorodskii type of packing index is calculated as a 'free' extra with the VOID 
calculation. Use the SOLV option when neither the packing index nor a map-section listing 
is needed. It should be remarked that structures have a typical packing index of in the order 
of 65 %. The missing space is in small pockets and cusps too small to include isolated atoms 
or molecules 
The relevant keyboard instruction is: 

CALC VOID (PROBE radius [1.2]) (PSTEP n [6]/GRID s [0.2]) (LIST/LISTabc)

 
The 

PROBE

 

radius

 is taken by default as the van der Waals radius of Hydrogen.
The 

GRID s

 is taken by default as 0.2 Angstrom.
The 

PSTEP n

 should be such that

 n

 x 

s

 = 

radius

 for computational reasons.
The 

LIST

 option produces a printout of the VOID grid. The default order of x,y&z in the 
listing may be managed manually with the 

LISTabc

 keyword where a,b,c can be X,Y,Z in 
any order. E.g. LISTXYZ has X section to section and Z horizontal.The horizontal grid has 
130 steps as a maximum. 


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-scientific-and-54.html

the-scientific-and-59.html

the-scientific-and-63.html

the-scientific-and-68.html

the-scientific-and-72.html