1 ... 64 65 66 67 68 69 70 71 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 68

səhifə68/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers

S provides three options for the storage of the original (raw) diffractometer data from which 
S can be started. 
1.
With 

COMPOUND.ins

 and 

COMPOUND.hkl

 (or 

COMPOUND.fcf

) data in the 
current directory 
Example: 

s sdemo.ins

 
2. With the raw shelx reflection data stored in a directory below the default (i.e. 
/mnt/shxdata) location. 
E.g. Shelx data (i.e. shelx.hkl and shelx.ins) for compound s1000 are stored in 
/mnt/shxdata/s1000 
S will find the data (shelx.ins & shelx.hkl) when started up with 

s s1000

 
The default location can be changed by setting the environment variable SHXPATH 
to the proper alternative. 
3. In our local operation, CAD4 files (e.g. s1000.cad) are stored in a single directory 
/mnt/cad4data (i.e. /mnt/cad4data/s1000.cad). 
System S is started in this context as 

s s1000

 
An alternative is to create an 's1000' sub-directory under 's' and copy the CAD4 data 
as s1000.cad into '~s/s1000'. 
System S is started as 

s s1000


10.7 - OTHER TRY-IT-YOURSELF EXAMPLES


Following are adapted (i.e. no prior space-group information given ins the '.ins' data-file) 
datasets 
supplied with Dr A.D. Hunter's 
SHELXTL course

Example1: 
sfun1.ins
 and 
sfun1.hkl
 
Example2: 
sfun2.ins
 and 
sfun2.hkl
 
Example3: 
sfun3.ins
 and 
sfun3.hkl
 
Example of an inorganic compound Cs2TiSi6O15: 
csti.ins
 and 
csti.hkl
 

10.8 - How to Implement the new Space group suggested by ADDSYM


ADDSYM (either run explicitly or implicitly) will suggest an alternative spacegroup in 
RED on the main S window. Addsym is invoked automatically (unless switched off) at the 
start of the anisotropic refinement. 
The transfer of the current structural results to the suggested space group is effected by 
clicking on 'TRMX' and 'SPGR'. 
The Formula and Z can be adapted when desired following this transfer. 
Refinement can now proceed in the new spacegroup. 
Example: Solve the 'sdemo' structure not in P21/c but in Pc (# 7). At the anisotropic 
refinement stage, a message 'M/P P21/c' in RED will appear to attract attention to the 
possibly missed or pseudo-symmetry. 

10.9 - How to run S on a 'CIF/FCF' Dataset


System S can be invoked using a 'fcf' (and 'cif') formatted file(s) (e.g. taken from the IUCR-
Acta Cryst C Web-page) via: 

s demo.fcf

 
S will convert the data in the .fcf file into a shelx.hkl (HKLF 4 format) file and ask for 
additional missing data. 
The .hkl file can be found in the subdirectory 'hklf'. 
A shelx.ins file is prepared from the data available in the 'fcf' file. Since an 'fcf' file doesn't 
contain information on the composition composition, this info should be given manually. 
Alternatively, when both a 'CIF' and an 'FCF' (either with extension '.hkl' or '.fcf' is 
available, S can we invoked with: 

s demo.cif

 

10.10 - KappaCCD/Denzo to PLATON/SYSTEM-S interface


The KappaCCD/Denzo software provides two output file formats 
1.

compound.hkl

 - i.e. SHELXL structured file. In order to run SYSTEM-S, an 
additional 

compound.ins

 has to be prepared. 
2.

import.cif

 - i.e. a reflection CIF containing both reflection data, cell dimensions, 
wavelength and optionally the supposed composition formula. 
SYSTEM-S can be started for this dataset via 

platon -s import.cif


10.11 - SUMMARY OF S-INSTRUCTIONS


10.11.1 - ABSGAUSS


Absorption correction using a Gaussian Integration Grid. 

10.11.2 - ABSTOMPA


Absorption correction following the de Meulenaer & Tompa (1965) analytical correction 
technique. 

10.11.3 - ASYM (VIEW)


Extensive listing and display of the averaging and completeness of the reflection data as 
supplied. 
The VIEW keyword invokes a display function giving a detailed view on the reciprocal 
lattice (completeness etc.) 

10.11.4 - AUTO


Synonymous for the No-Questions-Asked mode. 

10.11.5 - DIRDIF


The method of choise for heavy atom structures. 
DIRDIF may have problems with structure determinations run with an incorrect 
CONTENTS formula, in particular when the number of heavy atoms is different from the 

number suggested. 

10.11.6 - EXOR


Work-up of the 'raw' peak list of a structure determination package (e.g. SHELXS). 
Atom types are assigned to the resulting peak list on the basis of the contents formula. 
The correct identification of a peak as C,O or N may be hampered by difference in thermal 
parameters (i.e. peripheral O atoms may fit the peak height of a carbon atom and a central C 
may fit the peak height of an O atom. 

10.11.7 - EXORS


In function similar to EXOR but based on different techniques and using parts of SIR for it.

10.11.8 - FACE


Face as part of the description of the crystal for face-indexed absorption correction. 

10.11.9 - FORMULA


S
pecification of the formula (e.g. C10H12O6). 
In case no a-priori information is available, C1H2 may be used as a preliminary guess. 

10.11.10 - HATOMS


Find H-atoms in difference map. 

10.11.11 - INVERT


Change absolute structure. 

10.11.12 - HELENA


Local data-reduction program for CAD4-data. 

10.11.13 - LIST


Refresh parameter status listing. 

10.11.14 - LOG


This option provides a log of the previous calculations done for this compound. 
It provides information to be used for RELINK. 

10.11.15 - MU


In of Mu value (mm-1) for absorption correction. 

10.11.16 - NQA


This is the No-Questions-Asked mode to operate S. This option may be used to see whether 
a default structure determination leads to interpretable results. If not, various other options 
should be tried including solution in alternative spacegroups with alternative structure 
solutio
n techniques. 

10.11.17 - PLATON




Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-sciences-of-earth.html

the-scientific-and-13.html

the-scientific-and-18.html

the-scientific-and-22.html

the-scientific-and-27.html