1 ... 61 62 63 64 65 66 67 68 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 65

səhifə65/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

Example: setenv CHECKDEF /mnt/user/check.def 
The results of the validation can be found on the file '.chk' 
The preparation of a small shell script may be helpful. Below is an example of such a script 
that can be made available systemwide by placing it in /usr/local/bin 

#!/bin/csh


ln -sf /mnt/spea/acc/check.def


platon -u $1.cif


/usr/sbin/unlink check.def


less $1.chk 


The validation than runs for CIF sk1000.cif by: 

chk sk1000 


Example of a Validation Report


#===============================================================================
# PLATON/CHECK run versus check.def version of 08/02/00      for entry:  I      
# Data From: e60.cif - Data Type: CIF  
# CELL  1.54178  16.645  25.768   7.066   90.00   90.00   90.00   3030.70
# SpaceGroup P212121             Rep: P 21 21 21 
# MoietyFormula C34 H52 O4
#      Reported C34 H52 O4
# SumFormula C34 H52 O4   Rep: C34 H52 O4
# Mr        =    524.76[Calc],    524.76[Rep]
# Dx,gcm-3  =     1.150[Calc],     1.150[Rep]
# Z         =         4[Calc],         4[Rep]
# Mu (mm-1) =     0.568[Calc],     0.568[Rep]
# Reported   T limits: Tmin=0.940              Tmax=0.970 '\Y SCAN'      
# Calculated T limits: Tmin=0.815 Tmin'=0.797  Tmax=0.945
# Reported   Hmax= 20, Kmax= 31, Lmax=  8, Nref= 3292       , Th(max)= 70.01
# Calculated Hmax= 20, Kmax= 31, Lmax=  8, Nref= 3291( 5758), Ratio= 1.00( 0.57)
# R= 0.0463( 2929), wR2= 0.1367( 3292), S = 1.162, Npar= 347, Flack=-0.40( 4)   
#===============================================================================
>>> The Following ALERTS were generated <<<
052_ALERT A (proper) absorption correction method missing              
702_ALERT A Rep. Angle    174   Dev. from Calcd  110.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    176   Dev. from Calcd  110.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    177   Dev. from Calcd  109.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    183   Dev. from Calcd  109.00          5.00 Sigma     
#===============================================================================
222_ALERT B Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) .       4.02 range    
#===============================================================================
032_ALERT C Std Uncertainty in Flack parameter too high ..       0.40          
033_ALERT C Flack Parameter value deviates from zero .....      -0.40          
057_ALERT C Correction for absorption required   RT(exp) =       1.16          
089_ALERT C Poor Data / Parameter ratio ..................       9.49          
220_ALERT C Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) .       3.23 range     
412_ALERT C Short intra XH3 .. XHn  :  H(242) ..  H(253) =       1.81 Ang.      
412_ALERT C Short intra XH3 .. XHn  :  H(251) ..  H(262) =       1.83 Ang.      
701_ALERT C Rep. Bond      61   Dev. from Calcd  0.9614          1.43 Sigma     
701_ALERT C Rep. Bond      81   Dev. from Calcd  0.9588          1.23 Sigma     
702_ALERT C Rep. Angle    167   Dev. from Calcd  109.40          1.03 Sigma     

ALERT Level Summary
  5 ALERT Level A = In General: Serious Problem
  1 ALERT Level B = Potentially Serious Problem
 10 ALERT Level C = Check & Explain
#===============================================================================

Chapter 9 - Ab-initio

 Structure Solution by Charge Flipping


The FLIPPER option in PLATON implements the Charge Flipping algorithm for ab-initio 
structure determination. This method was first introduced by Oszlanyi & Suto (2004, 2005) 
as an alternative structure determination procedure for high resolution (small molecule) 
structures. The required input consists of a SHELX style input file (

name.ins

) and a 
reflection file (

name.hkl

). Alternatively, a 

name.cif

 and a 

name.fcf

 can be supplied to test 
the potential of the program with a known structure. The data is the .

hkl

 or .

fcf 

are 
expanded to P1 on the basis of the Laue group of the structure that is derived from the 
symmetry information in the .

ins

 or .

cif

). The program is started via the command line 
instruction 

platon name.ins

 or 

platon name.cif.

 
A default Charge Flipping run (with 25 random phase starting points) is invoked by clicking 
on the 

FLIPPER

 entry on the main PLATON menu. The same operation is invoked directly 
from the command line with the instruction 

platon -Z name.ins

 or 

platon -Z name.cif


I

the default mode, a sequence a random starting phase sets will be optimized until a stable 
solution is found with an R-value below 30 percent. The resulting peak list (on the file 

name_flp.res

) is subsequently optimized (on file 

name_xor.res

) with 

PLATON/EXOR 


and investigated for the correct space group (result in 

name_sol.res

). The best solution 

name_res.res

 is displayed with the PLUTON link in PLATON (allowing for the deletion 
and/or renaming of atoms and thus producing a starting file for refinement with SHELXL on 

name_res.new

). 
Alternatively, Charge Flipping is invoked with the keyboard instruction: 

FLIP

 ntry nloop nsolve delta perc Uiso
where: 

ntry

 is the number of trial random phase starts (default = 25).

nloop

 is the maximum number of flip cycles (default = 250,500,1000,2000).

nsolve

 is the number of attempted solutions before termination (default = 3)

delta

 is the fraction of the maximum density in the map below which the sign of the density 
is flipped (default = 0.02).

perc 

Percentage of reflections treated as weak for which the calculated phase is shifted by 
90 degrees. (default = 25)

Uiso

 is the value used in the expression exp(Uiso*8*pi**2*(sintheta/lambda)**2) as a 
multiplication factor for F(obs) (default = 0.02). 
Example of a non-default keyboard instruction: 

FLIP 10 50 3 0.02 5 0.02


Example

 of a 

name.ins

 file: 

TITL test


CELL 0.71073 10 11 12 80 90 100


ZERR 1 0.0001 0.001 0.001 0.01 0.01 0.01


SPGR P21/c


SFAC C H O


UNIT 20 24 12


HKLF 4 


As test files download 
flip.ins
 and 
flip.hkl
 or 
vitac.cif
 and 
vitac.fcf
 

Notes:

 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---81.html

the-schools-white-paper---86.html

the-schools-white-paper---90.html

the-schools-white-paper---95.html

the-schools-white-paper--.html