1 ... 46 47 48 49 50 51 52 53 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 50

səhifə50/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

2.5.2.8 - CALC COORDN (atom_name (p1[3.6])) 


The coordination geometry about a single atom may be examined with this instruction.
Example: 

CALC COORDN O3 3.2 


2.5.2.9 - CALC METAL (p1)

 
Distances between metal atoms less than p1 (default 5.0 Angstrom) are calculated. This 
option is included in the default CALC calculations. 
Example: 

CALC METAL 10.0


2.5.2.10 - CALC VOID (LIST) (GRID p1) (TOLV p2)

 
This option may be used to check the structure for voids as possible sites for solvents. The 
GRID (default value 0.4 Angstrom) and the minimum VOID radius (1.2 + p2 Angstrom) 
may be changed (default p2 = 0.0). The LIST option gives a map on the lineprinter. 
Positions with a shortest contact distance to the van der Waals surface of at least 1.2 + p2 
Angstrom are indicated with >. Solvent accessible areas are indicated with a dot. Blank 
areas indicate small voids, all other gridpoints are within the molecular van der Waals 
volume. Note: This option may also be used to study cases where the unit cell contents are 
misplaced with respect to the symmetry elements, since this fault will generally result in 
both areas with short molecular contacts and areas with voids. The VOID option is more 
compute intensive than the rest of the instructions. It is advised to run this option in BATCH 
mode. 

2.5.2.11 - CALC DIST (eltype p1)

 
A distance scan is done for all vectors between the specified element and within the 
specified radius. By default a scan is done for H-atoms.
Example: 

CALC DIST I 4.0

 

2.5.2.12 - DIST Atom_name1 Atom_name2

 
With this option a distance between two specified and not necessarily bonded atoms may be 
calculated between atoms in the atom_array.

2.5.2.13 - ANGL Atom_name1 Atom_name2 Atom_name3

 
The angle between the specified and not necessarily bonded atoms is calculated. 

2.5.2.14 - TORS Atom_name1 Atom_name2 Atom_name3 Atom_name4

 
The dihedral angle involving the four specified atoms (not necessarily bonded) is calculated. 

2.5.2.15 - LSPL Atom_name1 Atom_name2 Atom_name3 Atom_name4 ...

 

The least-squares plane determined by the specified atoms is calculated. 

2.5.3 - Graphics Related Instructions


PLATON provides graphics options to support the geometry analysis. A number of options 
are supported only from the menu (STEREO, MONO). 

2.5.3.1 - PLOT (LSPL/PLAN/RING/RESD) (ALONG/PERP) ([DISPLAY]/META)

 
Plots of the structure viewed perpendicular to or along the various least-squares planes may 
be produced for inspection. 
The graphics medium can be either the DISPLAY or the META (i.e. PostScript or HPGL) 
depending on the current setting. 
Example:

2.5.3.2 - PLOT NEWMAN ([DISPLAY]/META) (COLOR) (at1 at2)

 
Newman plots are produced. The Newman plots may be examined sequentially or for an 
individual one to be selected by specifying the relevant central bond. The graphics medium 
can be either the DISPLAY or the META (i.e. PostScript, HPGL) depending on the current 
setting. 

2.5.3.3 - PLOT ADP (RESD nr) (COLOR) ([DISPLAY]/META) (OCTANT/


[HETERO]/ENVELOPE) (LABELS/NOLABELS) (HATOM/NOHATOM) 


(PARENT/NOPARENT) (MARGIN marg)

 
An Anisotropic Displacement Parameter plot (ADP) also called thermal motion ellipsoid 
plot (ORTEP) is produced for residue number 

nr

 (zero means all residues). The COLOR 
option provides for the distinction of hetero atom types in the plot (oxygen RED, Nitrogen 
BLUE and halogens GREEN). The graphics medium can be either the DISPLAY or the 
META (i.e. EPS, HPGL) depending on the current setting. The overlap margin (cm., [0.08]) 
can be changed with MARGIN marg. 
The three plot angles xr, yr and zr to reconstruct the present orientation are plotted in the 
lower right corner, upper left corner and lower left corner respectively. The probability level 
of the ellipsoid surfaces is shown in the upper right corner. When no VIEW instruction was 
given previously, the program will calculate a minimum overlap view.
Example: 

PLOT ADP 3 COLOR

 

2.5.3.4 - BOX ([ON]/OFF) (RATIO ratio[1.333])

 
By default a drawing will be surrounded with a rectangular box outline. The current setting 
of this feature may be changed with the ON and OFF sub- keywords. The corresponding 
clickable menu item is labelled 'decoration'. The three numbers shown at the bottom right, 
top left and bottom left corner of the box are the rotation angles xr, yr and zr respectively 
with reference to the default setting. These numbers may be used to reconstruct this 

particular orientation directly from the default UNIT orientation via a VIEW XR xr YR yr 
ZR zr instruction. The default horizontal to vertical size ratio of the box for an ADP plot is 
4/3. A ratio of 1 produces a square box.
Example: 

BOX ON RATIO 1.0

 

2.5.3.5 - VIEW (UNIT) (XR xr) (YR yr) (ZR zr) ...

 
The current orientation of the molecule for plotting may be modified with a VIEW 
instruction: VIEW XR 45 YR -55 will rotate the molecule first clockwise about the 
horizontal X-axis, followed by an anti-clockwise rotation by 55 degrees about the vertical Y-
axis. VIEW instructions are accumulative. The single keyword instruction VIEW will bring 
the molecule back in the default orientation. 

2.5.3.6 - VIEW MIN/INVERT

 
MIN:Minimum overlap view based on least-squares plane determined by the atoms included 
in the plot. 
INVERT: The view matrix (and absolute structure is inverted). 

2.5.3.7 - SET PROB (10/20/30/40/[50]/60/70/80/90)

 
The probability level for the enclosing ellipsoid surfaces is set by default to 50%. 
Example: 

SET PROB 30 


2.5.3.8 - SET WINDOW fraction

 
Set X-Window size to 

fraction

 
Example: 

SET WINDOW 0.6

 

2.5.3.9 - SET LABEL SIZE size

 
Set the size of the atom labels from the current size to the desired size (mm). 
Example: 

SET LABEL SIZE 0.6

 

2.5.3.10 - JOIN atom_name1 atom_name2 (DASH/LDASH)

 
I
nclude an (optionally dashed) additional bond to the bond list for plotting. This provides an 
option to add bonds that are not generated automatically on the basis of the JOIN RADII 
calculations.  The difference between DASH and LDASH is the number of lines drawn on 
the dashed bond.

2.5.3.11 - DETACH atom_name1 atom_name2

 
Delete the specified connection from the list of bonds to be plotted. This instruction is 
useful to delete unwanted connections in the automatically generated bond list. 
Example 

DETACH Cu1 Cu2

 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---36.html

the-schools-white-paper---40.html

the-schools-white-paper---45.html

the-schools-white-paper---5.html

the-schools-white-paper---54.html