1 ... 36 37 38 39 40 41 42 43 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 40

səhifə40/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

order to refine the
correct absolute structure as indicated by the Flack parameter. Inversion 
may include change of space group when enantiomeric space group pairs 
are involved or require special origin shifts. Clicking on the INVRT button 
will arrange for inversion of the structure in the next
SHELXL refinement cycles by setting up the proper parameters for the 
MOVE instruction.
When change of space group is implied, e.g. P31 to P32, conversion to (creation of) the new 
space group is arranged automatically. 

Enantiomorphic space group pairs are:

 
[P41, P43], [P4122, P4322], [P41212, P43212], [P31, P32], [P3121, P3221], [P3112, P3212
], [P61, P65], [P62, P64], [P6122, P6522], [P6222, P6422], [P4132, P4332] 

Space groups requiring an origin shift

 
Fdd2, I41, I4122, I41md, I41cd, I-42d, F4132 

HFREE

: Release all AFIX constraints set with HFIX. This allows for the refinement of 
previously fixed positional parameters. 

1.4.17.20 - ASYM & VIEW


ASYM

: Clicking in the left box will generate an averaged reflection set for the current 
symmetry with systematic extinctions removed. See 
ASYM
 for more details. 

VIEW

:Clicking in the right box will invoke the display of the reciprocal lattice in order to 
inspect for data quality and completeness. See 
ASYM-VIEW
 for more details. 

1.4.17.21 - SQUEEZE & FCF


See 
for details on SQUEEZE
 

SQUEEZE

: Clicking in this box will initiate a 'SQUEEZE' calculation. 
Conditions for use of SQUEEZE are: 
- There should be voids in the structure (This can be tested with the SOLV option). 
- Adequate correction for absorption. 
- Prior refinement should be done with the best possible model (i.e. Anisotropic 
parameters for the non-hydrogen atoms in the ordered part of the structure and all 
hydrogen atoms attached to the model included). Disorder sites may have been included 
with dummy atoms. 
All disorder sites should be deleted prior to the SQUEEZE run. 

FCF: 

Add solvent contribution to the SHELXL produce FCF to produce an FCF based on 
the original reflection intensities.

1.4.17.22 - ADDSYM & SOLV


This Menu entry provides easy access to two PLATON functions operated on the current 
's.res'. Subsequently, 'ghostview' is invoked for inspection of the generated listing file. 

ADDSYM

:Clicking on ADDSYM invokes the S-instruction 'PLATON ADDSYM'. The 
current 's.res' is checked for potential (missed) higher symmetry. Reported new (missed) 

symmetry is displayed in RED preceded by M/P. Transfer to the suggested space group 
can be accomplished by clicking on TRMX. The relevant alternative directories and 
links are setup automatically. The new (adapted) .res is copied as well. 

SOLV

:Clicking on SOLV invokes the S-instruction 'CALC SOLV'. The current 's.res' is 
checked for 'solvent accessible areas', possibly indicating missed (disordered) 
atoms/sites. 

1.4.17.23 - VALIDATION & REPORT


VALIDATION

: Clicking in the left box invokes a CIF-Validation run in order to detect 
possible problems with the current analysis. 
See 
VALIDATION 
for more details. 

REPORT

: Clicking in the right box should generate a report on the current structure 
analysis. 
See 
REPORT 
for more details. 

1.4.17.24 - AutoRenum


 
Atoms are automatically renamed based on a network topology reated algorithm.

1.4.17.25 - SKIP or ACCEPT-DEFAULT


Clicking on 

ACCEPT

 confirms the suggested default instruction or datum suggested in []. 
Clicking on 

SKIP

 will skip the currently suggested next instruction (when applicable) and 
move to the next suggested instruction. 
Currently implemented SKIP operations are implemented for ABSPSI & DELABS. In all 
other cases, clicking on SKIP will have no effect on the flow of the calculations. 

1.4.18 – SYSTEM_S SUB-MENU #1


1.4.18.2 - LOG & RELINK – History Functions 


The 

LOG

 instruction provides a history log of previous actions on the current compound. In 
particular, it documents where earlier results are stored and where they can be recovered 
with the 

RELINK

 instruction. 
The numerical code hh/kkk/nnn indicates: 

- hh

 - Number of the TRansformation MatriX choosen in the TRMX stage. 
New selections may be made with the TRMX instruction. 

- kkk

 - SpaceGroup number selected in the SPGR stage. 
New selections (within the current TRMX selection) may be done with the SPGR 
instruction. 

- nnn

 - Link state identifier. 
May be manipulated with the RELINK instruction. 
The 

RELINK

 instruction resets the current context (i.e. .res and .hkl) to a previous context. 

However note

: only the most recent version of the correction for absorption of a given type 
(abspsi, abstompa etc) is retained. Older results are overwritten in the subdirectories 
corresponding to the correction for absorption at hand. Clicking on RELINK without a 

numerical value will go to the previous context (middle box) or a more recent context (right 
box). RELINK nnn, will link to the requested hh/kkk/nnn context. 

1.4.18.3 - TREE & LIST


TREE: 

The TREE instruction provides a listing of all relevant files, directories and current 
links for the current compound. 

LIST: 

The LIST instruction gives an overview of current status and parameter values. 
When relevant, beyond 'Rav' both R(aver) before and after absorption correction is displayed.  

1.4.18.4 - RemoveTree


1.4.18.5 – XtalDisplay.


Display of the crystal based on a set of bounding faces. This option may be useful for 
checking a face set before attempting numerical absorption correction. 

1.4.18.6 - CELL & HELENA


CELL: 

This the first instruction in the start-up sequence of a new compound related 
directory tree. 
CELL dimensions (and wavelength) may be accepted as suggested or adapted. 

HELENA: 

The program HELENA may be invoked for the reduction of CAD4 data into a 
standard shelx.hkl file (including direction cosines).
 

1.4.18.7 - FLIPPER


 (to be done)

1.4.18.8 - SinTHeta/Lambda-max


Button boxes for limiting the data set resolution during SHELXL refinement. 
Sin(Theta/Lambda)-max levels 0.54, 0.60, 0.65, 1.0 corresponding to theta-max (MoKa) 
22.5, 25.0, 27.5, max Degrees. 

1.4.18.9 - ORGANIC


 

1.4.18.10 – VOID-CHECK Toggle


Toggle for automatic checking for solvent accessible areas in the structure. 

1.4.18.11 – ADDSYM-CHECK Toggle


Toggle to set for checking for missed & pseudo symmetry at appropriate stages of the 
structure determination. 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---21.html

the-schools-white-paper---214.html

the-schools-white-paper---22.html

the-schools-white-paper---27.html

the-schools-white-paper---31.html