1 ... 26 27 28 29 30 31 32 33 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 30

səhifə30/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

     'setenv RASEXE '/usr/local/bin/rasmol'     

1.4.5.25 - Reset & END BUTTONS


Clicing on RESET will bring the display back to a default STICK plot of the molecule(s).
Return to main PLATON menu with 

END

 

1.4.6 – PLUTON SUB-MENU #4 (Geom)


1.4.6.2 - Distance Calculation


This option provides interactive distance calculation between two labelled atoms by clicking 
on them. The two atoms are not required to be bonded. Both atoms should be addressable 
i.e. listed in the primary atom list as shown with the 

LIST ATOMS

 instruction. When a 
clicked atom is not yet in this list, it will be added automatically. The added atoms are now 
available for distance calculation (i.e. reenter the DIST instruction) and their label shown. 
Note: No s.u.'s are available with this option. Use the ORTEP link instead when s.u.'s on 
bonds are needed as well. 

1.4.6.3 - Angle Calculation


This option provides for the interactive calculation of an angle involving three atoms (not 
necessarily bonded) by clicking on the three atoms involved. Note: Clickable atoms are 
those included in the primary atom list. This list can be inspected using the 

LIST ATOMS 


instruction. 

1.4.6.4 - Torsion Angle Calculation


Option for interactive calculation of torsion angles between named atoms by clicking on 
them in the desired order. The atoms involved need not to be bonded. Note: The clickable 
atoms are those included in the primary atom list. This list can be inspected using the 

LIST 


ATOMS

 instruction. 
 

1.4.6.5 - GeomCalc 


This option allows for the display of bond distances and angles around an atom by clicking 
on it. Clickable atoms are those included in the primary atom list. This list can be inspected 
with the 

LIST ATOMS

 instruction. 

1.4.6.6 - LIST TYPES


Info on the data associated with the atom types in the structure is displayed for inspection. 
Example:
                ATOM TYPES AND PARAMETERS
( May be Changed with COLOR TYPE, BWC TYPE or RADII ATOMS instructions)
 ====> COLOR TYPE atom-type col (atom-type col ...)
 col = BLACK(WHITE), RED, GREEN, BLUE, YELLOW

            ORANGE, VIOLET, BROWN, NONE
 ====> BWC TYPE atom-type bwc (atom-type bwc ...)
 bwc = CONTOUR, NET, SHADE, SEGMENT, DOTS, BLACK, CROSS, PARALLEL, GLOBE,
       MERIDIAN, HORIZONTAL, VERTICAL, MESH, DIAGONAL, SLANT, TEXTILE, VOID
NR TYPE COLOR        BWC         VDW-   COV-  JOIN- PLOT-RAD (TOL = 0.2
A/atom)
================================================================================
 1   H  NONE         VOID       1.20   0.23   0.43   0.12
 2   C  BLACK        SHADE      1.70   0.68   0.88   0.20
 3   O  RED          BLACK      1.52   0.68   0.88   0.20
 4   N  BLUE         NET        1.55   0.68   0.88   0.20

1.4.6.7 - LIST LINES


Clicking on this option generates a summary of data associated with the various bond types 
for inspection.

Example


Bond(s)            Radius(Ang) Lines Dash
Normal                  0.120      2    0
Intermolecular          0.020      5    1
To H                    0.120      2    0

1.4.6.8 - LIST ARU


Clicking on this option generates a display on the alpha-numeric window of the list of 
ARU's and their attributes for inspection. 

Example:


Asymmetric Residue Units :: UNIQUE =    2, INTER =    0, TOTAL =    2
The first  1 refer(s) to 1555.nn ARU's, the next ones to _a, _b etc
Resd#       ARU   AtomColor   PatternColor  BondColor   #Lines
    1     1555.01   -            -            -             0
    2     3575.01   -            -            -             0
(Partially) ACTIVE Asymmetric Structure Units =    2
    1555.    3575.
 

1.4.6.9 - LIST FLAGS


List Flags associated with atoms for inspection. 

1.4.6.10 - LIST CELL


Cell dimensions for the current unit cell are displayed for inspection. 

1.4.6.11 - LIST SYMM


S
ymmetry operation for the current structure are displayed on the alpha-numeric window 
(where PLATON was invoked).  

1.4.5.12 - 


LIST ATOMS


The list of atoms (coordinates and frags) for the atoms in the asymmetric structural unit is 

displayed on the alpha-numeric screen for inspection. 

1.4.5.13 - LIST BONDS


Bonds and associated info for the bonds in the asymmetric structural unit are displayed on 
the alpha-numeric display for inspection. 

1.4.6.14 - PLOT RESIDUES - Select Residue(s) for Display


Either the complete set of residues (by clicking in the leftmost box) of individual residues 
may be displayed (by clicking in one of the other boxes). The number of boxes equals the 
number of residues (molecules) + 1.  
 

1.4.6.17 - LABEL ATOMS TOGGLE


Global atom labeling toggle. Clicking on the right box will also include H-atoms in the 
labeling. 

1.4.6.18 - ENTRY LIST


Listing of the entries in the input file.

1.4.6.19 - STEPWISE ROTATION ABOUT Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Clicking in the central area gives small 
rotation steps. Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps.
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.6.20 - STEPWISE ROTATION ABOUT Y


Stepwise rotation about the horizontal axes (Y). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps.
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.6.21 - STEPWISE ROTATION ABOUT X


S
tepwise rotation about the horizontal axes (X). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.6.22 - COLOR OPTIONS


The assignment of color to plot-items can be done at four levels. 
1 - Global Color 
2 - Per Atom-type 
3 - Per Residue-type 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---188.html

the-schools-white-paper---192.html

the-schools-white-paper---197.html

the-schools-white-paper---200.html

the-schools-white-paper---205.html