1 ... 22 23 24 25 26 27 28 29 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 26

səhifə26/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

Continuous rotation about y (= vertical/up) with speed corresponding to click position. 
Continuous rotation about x (= horizontal) can be invoked with the instruction 

CROTX 0.1


Continuous rotation about z (= perpendicular) and in color can be invoked with the 
instruction 

CROTZ COLOR 0.1


1.4.2.19 – Stepwise  Rotation  About Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Step size and direction based on click 
position. 

1.4.2.20 - STEPWISE ROTATION ABOUT Y


Stepwise rotation about the horizontal axes (Y). 
Clicking in the central area gives small rotation steps.
Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.2.21 - STEPWISE ROTATION ABOUT X


Stepwise rotation about the horizontal axes (X). 
Clicking in the central area gives small rotation steps.
Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.2.22 - COLOR OPTIONS


The assignment of COLOR to plot-items can be done at four levels: 
1. Global Color 
2. Per Atom-type 
3. Per Residue-type 
4. Per ARU 

Option 1: Global Color


Keyboard Instruction: 

COLOR 


BLACK/RED/GREEN/BLUE/YELLOW/ORANGE/VIOLET/BROWN

 
In general, bond & atom outlines will be drawn with this default color. 

Option 2: Per Atom Type


Color assignment is done on the basis of element-type. 

The default assignments may be changed with the keyboard instruction: 

COLOR TYPE atom-type col (atom-type col ..)

 
or from the PLUTON StyleMenu entry:
SelectColor
 
Color is switched on/off with by clicking on the menu box 

col

 or with the 
keyboard instruction: 

COLOR (on/off)

 
or implicitly switched on with 

STRAW COLOR

 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 

BWC (on/off)

 

Option 3: Per Residue type


Residues (i.e. isolated connected species) can be displayed with differing colors 
either by clicking on the 

resd

 box or with the keyboard instruction: 

COLOR RESD

 
The assigned default color for residues may be changed with a keyboard 
instruction. 
Example: 

ARU BLUE 3

 

Option 4: Per ARU


ARU's may be given distinguishing colors with instructions such as 

ARU red 1555.01 1556.01


ARU green 1565.01 


ARU-related colors are displayed with: 

COLOR ARU (on/off) 


or by clicking the 'col ARU' menu field 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 

BWC (on/off) 



1.4.2.23 - DECORATION TOGGLE


The boundary information (title, angles etc) may be switched (on/off) by clicking on 
DECORATION. Publication figures need DECORATION OFF.

1.4.2.24 - Graphics (META-FILE, POVRAY, RASMOL)


PLUTON will generate by default an Encapsulated PostScript file of the image displayed on 
the DISPLAY by clicking on the leftmost box button (indicated with 'EPS'). The  EPS 
default may be changed into HPGL with a meta-code selection button on the PLATON 
opening window, or with one of the keyboard instructions 

SET META  HPGL. 


In the PLUTON mode, there are two interfaces available to other molecular graphics 
programs. 
- Clicking on '

Pov

' will generate a file '

.pov

' suitable for the ray-tracing program POVRAY. 
POVRAY will be executed when implemented. The 

name.pov

 file that is generated by 
PLUTON may be edited off-line to change/add various functions (e.g. to change certain 
colours), and run as a shell command similar to: 

povray +D +W1280 +H1024 +I name.pov 


The default Background color is 'SummerSky'. Other choises can be set through the 
instruction 

set ipr 174 n

, (n = 0:SummerSky, n=1: Black, n=2:White, n=3:Scarlet). 
Alternatively, this parameter can be set in the auxiliary sub-menu #5
- Clicking on '

Ras

' will generate a 'PDB'structured '

.ras

' file suitable for the Molecular 
Visualisation Program RASMOL. RASMOL will be executed when implemented. 
The executables 'povray' and 'rasmol' are assumed to be globally accessible. Alternatively, a 
path may be given in environment variables. 
e.g. 'setenv POVEXE '/usr/local/bin/povray'
       'setenv RASEXE '/usr/local/bin/rasmol'     

1.4.2.25  - Reset & END Buttons


Clicking on RESET will bring up a default STICK style PLOT. Return to main PLATON 
menu with 

END

 

1.4.3 – PLUTON SUB-MENU #1 (Contents)


1.4.3.2 - DISPLAY TEXT Toggle


Special text at user defined locations can be introduced with the 

NewText 

option. Its actual 
display is controlled with the Display Text Toggle. 

1.4.3.3 - NEW TEXT


This feature allows for the addition a text to a desired position. The text is first placed in a 
default position after entering it from the keyboard and should be moved to its desired 
position later on with the MOVE TEXT menu instruction. The default character size can be 
changed by clicking in the TEXT SIZE menu box and will be effective with the next 
NEWTEXT text entry. The size of existing text can be changed by turning the 
CHTEXTSIZE option on. Existing text can be deleted with the DELETE TEXT menu item. 

The DISPLAY TEXT option allows for an on/off text feature. 

1.4.3.4- MOVE TEXT


This option allows for the repositioning of free text added to the plot via the NEW TEXT 
option. 

1.4.3.5 - TEXT SIZE


The text size of the text to be entered via 

NEW TEXT

 can be set by clicking in the 
appropriate menu box. 

1.4.3.6 - DELETE TEXT


Text that is no longer wanted can be deleted with this option. 

1.4.3.7 - CHANGE TEXT SIZE


The size of existing text items can be changed to the current 

TEXTSIZE

 size with this 
option. 

1.4.3.8 - DELETE ATOMS From RES File


This feature is used to eliminate unwanted atoms from a '

.res

' file and is used to prune '.res' 
files containing raw peak lists generated by structure determination packages (e.g. DIRDIF, 
SIR & SHELXS). DELETE only works in the true PLUTON mode (i.e. not via 
PLUTONauto because the '.res' data structure is replaced by a '.spf' structure) as intended. In 
all other cases it is redefined into the non-destructive EXCLUDE instruction. The pruned 
data are written to a file with the extension '

.new

' .

1.4.3.9 - ATOM RENAMING in RES-FILES


PLUTON can be used for the interactive atom renaming for atom names in '

.res

' files. 
A new file (with extension 

.new

) including the changes is written only under certain 
conditions: 
1.
PLUTON should have been called directly from the command line, either via an alias 
'

pluton

', '

platon -p

' or via the '

toPLUTON

' option in the PLATON opening menu. 
The 

PLUTONauto

 button will 

not work

 because not the 

.res

 but an ad-hoc derived 
(non-res style) 

.eld

 (SPF) file will be read. 
2.
The input file must be recognized as '

shelx.res

' format type (i.e. include a FVAR 
instruction). 
There are three options to RENAME atoms
1. keyboard_instruction (mode 1) 
e.g. RENAME C100 C1 C150 C2 C5 P1 This will change C100 into C1 etc. 
2. keyboard_instruction (mode 2) 
Just giving the instruction RENAME. That will initiates a loop through all atoms for 
renaming. The current atom under consideration for renaming is accompanied with a 
label in RED. The new name may be then typed. Hitting the RETURN key leaves the 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---165.html

the-schools-white-paper---17.html

the-schools-white-paper---174.html

the-schools-white-paper---179.html

the-schools-white-paper---183.html